こんにちは。 石田といいます。 外してるかもしれませんが、windows等のクライアントで ファイルを編集してサーバーにUPしていると仮定して、 FTP時に、incファイルはバイナリー転送になってたりしませんか？ EOF;の後の改行が、\nでないとうまく動作しないようです。