[PHP-users 6617] cannot execute binary fileとエラーが出て原因がわかりません。

[makino]

牧野です。
以前もC言語プログラムをPHP上から実行できないというMLを投稿させていただきましたが、その続きのような感じです。
phpファイルに
$str = system("/bin/sh /実行ファイルのパス　引数 2>&1");
と記述しているのですが、このときにcannot execute binary file　とエラーが出てしまいます。
１度はうまくいったのですが、その後サーバー上に問題が起きましてシステムの再インストールを行なったところエラーが出るようになりました。
環境は
red hat Linax 7.2
apache_1.3.22
php-4.1.2にmbrege-1.3.1を組み込んでいます。
実行ファイルはPHP上に記述してあるパスで正常に動きます。
同じディレクトリにバッシュファイルを作成したところ、内容に対するエラーメッセージが出たので、パスは通っていると思います。
以上のこと以外ではエラーの原因がわからないので、どなたかわかる方教えてください。