みかみです。
小山さん、いわきりさん、ありがとうございます。
proc_openを調べてみて、
$process = proc_open("/usr/local/bin/convert -geometry 100x100 jpeg:- jpeg:-", $descriptorspec, $pipes);
という感じでImageMagickにbase64デコードしたデータを送り、
標準出力をfpassthruで吐くと思い通りの結果が得る事が出来ました。
> pecl/imagick extensionを導入してみるのも手かと。
imagickも一応導入してみたのですが、
何故か上手く動かないようでした。(何か足りない物があったかもしれません)
またゆっくり調べて導入し直してみようと思います。
ありがとうございました。