はじめまして。千葉と申します。 > 改行コード→CR+LF→問題なし > 改行コード→LF→問題なし > 改行コード→CR→改行されない php.ini の auto_detect_line_ending をOnに設定すると、fgets及びfile関数使用時にCRを改行コードとして認識させることが できます(ごく僅かな性能劣化があるとのことですが・・・)。 http://www.php.net/manual/ja/ref.filesystem.php#ini.allow-url-fopen すでに解決されているようですがご参考までに。