[PHP-users 30426] Fopen関数でファイルが消える

[兵頭]

みなさん、こんばんは。

fopen関数及びfile_exists関数を使用すると、ファイルが消えてしまう現象がでて困っております。
処理の流れとしては、社内側でＣＳＶファイルを作成してＷＥＢサーバ（レンタルサーバ）へＦＴＰ転送。
その後、ＷＥＢサーバのＭｙＳＱＬにデータを取り込む処理をしているのですが、fopen関数でファイルを開く時と
file_exists関数でファイルを確認しようとするとファイルが消えてしまいます。
消えているのでfopen関数もfile_exists関数もエラーとなってしまい先に進めません。 

直前でexit関数で強制的にＳＴＯＰしてＷＥＢサーバ内を確認すると所定のフォルダ内にアップロードされています。
STOPした状態から、スクリプトファイルを書き換え更新すると正常に完了します。
通しでスクリプトを実行したときのみに発生します。
いろいろ調べてはみたのですが、全く分からず困っております。
どなたは、このような経験をされた方はおられないでしょうか？
解決策等ご教授いただけたらと思います。

スクリプトはＷＥＢサーバ内で実行しており、ＯＳはＬｉｎｕｘ、ＰＨＰ4.4.2です。 

社内側開発環境はWindowsXP　でPHP5.1.6です。

兵頭