[PHP-users 2214] ZendEncoderのエラー

[Miura Kazunori]

こんにちわ。三浦と申します。
ZendEncoderに関する質問なのですが、
ほかに適当な日本語のMLが見あたらなかったので
ここでさせていただきます。

使用している環境は

Debian2.2/x86
ZendEncoderUnlimited-1.1.0
ZendOptimizer-1.0.0
PHP-4.0.3+jstring

ここで、encode.shを使用して数十のソースファイルを
コンパイルするのですが、コンパイルしたファイルを
apacheを通してWeb上でみると、

Zend^@^K2000112001^@^B1^@^E6269^@^F27810^@x<F9>
<9F>2^LM]<FF>o\Uv^?<82>^H酎*Q<FE>^AUH?^PP^F<FB><BD><FB><BE>S什'q^T<EF><86>8ESC;|

と、こんな感じになるファイルがたまにあります。
もう一度、エラーしたファイルだけコンパイルし直してみると
正常に読み込まれるので、なぜこうなってしまうのか
再現性がないので困っています。/tmpにできるエラーログにも
表示されない。
たくさんのPHPソースファイルを一度にコンパイルするので
ひとつ一つチェックするのが大変な作業です。

同様な経験をされている方はいらっしゃいますか？
何か情報をお持ちでしたら、教えていただけないでしょうか？