はじめまして。
やりかたはいろいろあると思いますが、apacheの起動ユーザー
（たいていはnobodyまたはapache）にsudoでuseraddコマンドを追加
します。sudoの使い方はマニュアルで調べてください。visudoでコマンドを
登録します。これでPHPからユーザー登録できます。
サンプルコード
<?php
$login = "test";
$passwd = crypt("hogehoge", "AB");
system("/usr/local/bin/sudo /usr/sbin/useradd -p $passwd $login");
?>