まじんです。
echoって文字列を出力するための関数だと思うのですが
バイナリデータも OK なんでしょうか？
NG だと仮定して、下記の変更でもダメですか？
>header("Content-Transfer-Encoding: binary");
header("Content-Transfer-Encoding: base64");
>echo mssql_result($rs,0,"excel_obj");
echo chunk_split(base64_encode(mssql_result($rs,0,"excel_obj")));