はじめまして、足立です
> php.ini
Apache2ならPHPIniDirというオプションをつけることで明示的にphp.iniを指定できます。
CLI版とではオプションのなすべき設定が少し異なるので別々に設定するほうがいいかも。
> 文字化け
文字コードの指定でmetaタグでなく
header("Content-Type: text/html; charset=EUC-JP");
とヘッダーで指定してみてはどうでしょうか?
あと、たしかhttpd.confに、MIMEヘッダーで送るキャラクターセット（のデフォルト）を指定する項目があったと思います。
昔これをつけて逆に文字化けしたということがあったような・・・