中村＠ActiveSeedです。 http://jp.php.net/manual/ja/function.parse-ini-file.php の説明を読む限り parse_ini_fileで多次元配列として認識するのは セクション名と設定との組み合わせです。 ですので、parse_ini_fileの挙動としてはおかしくありません。 もし設定値をカンマで区切るのであれば explodeを使用したりしてはどうでしょうか？ ではでは。