はらいと申します。
私も似たような状況で、
PHP + MySQL + Prototype.js を使い、EUC-JP 環境で、
（XML ではなく）HTML の一部をクライアントに送信するものを
開発したときに、その部分だけが文字化けしたことがありました。
●サーバーは明らかに EUC-JP のエンコードで送っている
→クライアントが文字コードを判別できていない。
ということが分かっていたため、出力前に、
header("Content-type: text/html; charset=EUC-JP");
という１行を加えたところ、解決しました。
参考になれば幸いです。