ありがとうございます。 自己解決しました。 実は一箇所、 ob_clean(); echo $str; ob_end_flush(); という形で出力している部分があり、そこに問題がありました。 その後、output_add_rewrite_varが入ってタグが入ってしまうという流れでした。 通常出力にするように変更すると問題になく表示されるようになりました。 ありがとうございました！