TABATAです。 phpではないですがRad Upload(http://www.radinks.com/upload/)というJavaアプレットはどうでしょう? 昔、あるオークションサイトを構築する際に採用しました。 フォルダごとドラッグ&ドロップできますので大量になおかつ一括にアップロードするに最適かと思います。