はじめまして かとうと申します。 ぜんぜん外しているもしくは運用上無理かもしれませんが。 VirtualHostなどを設定するということでは対応できないのでしょうか。 URLのホスト部分がブラウザからみて異なれば、cookieは取れなくなるので別セッ ションとして扱われるのではないでしょうか。