apache 起動ユーザに、余計な権限をつけるのはどうかと思いますので、 PHPでは、サブドメインを、DBなりファイルに書き出すまでさせておいて、 あとは、cronで、更新された部分をbindと、apacheの設定ファイルに 反映させて、bind と、apacheをreloadするスクリプトを実行する方が 安全かと思います。 多分、1分程度のタイムラグは問題ないのではないでしょうか？